Beim Nährstoffvergleich auf Feld-Stall-Basis bilden alle Felder des Betriebes die Bezugsbasis. Dies bedeutet, dass die Nährstoffe (Ernteprodukte) vom Feld als "Abgang" gebucht werden. Alle Nährstoffe (organische und mineralische Dünger, Klärschlamm, usw.), die auf das Feld kommen, werden als "Zugang" verbucht.

Die "Nährstoffabgänge" lassen sich dabei über Erntemengen, Anbauumfang und Nährstoffgehalte erfassen. Die "Nährstoffzugänge" lassen sich z. B. über Düngemittelzukauf und die von Tieren ausgeschiedenen Nährstoffmengen errechnen.

Die von den Tieren ausgeschiedenen Nährstoffmengen werden über Faustzahlen ermittelt und mit der Anzahl der Stallplätze multipliziert. Die Faustzahlen sind Mittelwerte und gelten für Standardverfahren. Weicht die Wirtschaftsweise im Stall vom Standardverfahren ab, entfernt sich das Ergebnis des Nährstoffvergleichs immer mehr vom tatsächlichen Nährstoffzugang und -abgang.

Wegen der Verwendung von Standard-Tabellenwerten können Nährstoffüberhänge, z. B. bei Stickstoff, die auf eine zu eiweißreiche Fütterung zurückzuführen sind, nicht erkannt werden. Als Folge sind die Ergebnisse für den Betriebsleiter nicht in jedem Fall zur weiteren Optimierung seiner Fütterung oder auch Düngung einsetzbar.

Der Feld-Stall-Vergleich ist besonders bei Grünlandbetrieben schwierig, da die Erträge des Grünlandes in der Regel nur grob geschätzt werden.

Dieser Betrieb führt seinen Flächen im Mittel 172 kg N/ha zu, 138 kg N/ha verlassen die Flächen über abgefahrene Ernteprodukte. Bleiben also 34 kg N/ ha Überschuß, die jedoch zum Teil den unvermeidbaren Verlusten auf dem Feld (Auswaschung, Denitrifikation) zuzurechnen sind.
In diesem Beispiel wäre die Nährstoffbilanz relativ ausgeglichen.